L'histoire se déroule sur Spira, un monde en grande partie envahi par les eaux. Il y a 1000 ans, une entité maléfique du nom de Sin est apparue, détruisant la technologie. Depuis Sin est toujours là, causant la terreur aux populations désarmées face à ce fléau. Une nouvelle religion est née, pronant les préceptes de Yevon, interdisant toute technologies. Celon ces préceptes, la seule solution pour vaincre Sin est de faire appel à l'Invocation Finale.

   Yuna veut débarrasser Spira de Sin en se lançant en pélerinage sur les traces de son père Braska, un très grand Invokeur, mort il y a dix ans. Le pélerinage permettra à Yuna de réunir les différentes chimères des temples de Yevon, de manière à s'entrainer en vu de l'Invocation Finale qui aura assez de force pour se débarrasser de Sin. Dans cette quête autour du monde, elle sera accompagné de ses gardiens :

 - Tidus, un jeune joueur de Blitzball, personnage central du jeu, son origine est très mystérieuse ...
 - Auron, un puissant combattant, déjà gardien lors du pélerinage du pére de Yuna, dix ans auparavant.
 - Wakka, un joueur de Blitzball très sympathique.
 - Lulu, une puissante magicienne utilisant la magie noire.
 - Kimahri, garde du corps personnel de Yuna, un très puissant guerrier Ronso.
 - Rikku, la fille de Cid, le chef des Al Bhed.

L'extraordinaire puissance de Sin précipite Tidus, champion de l'équipe de blitzball des "Zanarkand Abes", dans ce qui restera la plus grande aventure de sa vie. Sin l'emmène dans une contrée éloignée, une contrée tellement lointaine qu'aucun retour ne semble possible. Loin de chez lui et des siens, Tidus s'éprend de la magnifique Yuna tout en entretenant une haine féroce envers son père Jecht (lui aussi une star de blitzball).

Age : 17 ans

Rejoint l'équipe : Tidus est présent dès le début de l'histoire.

Arme : Epée

Style de combat : Combattant preste et agile, Tidus est particulièrement efficace contre les ennemis rapides. Il compense sa relative maladresse face aux adversaires aériens par son aptitude à combattre sous l'eau.

Compétences Spéciales : Tout comme ses compagnons, Tidus possède des compétences utilisables pendant les affrontements. Au début de l'aventure, il peut par exemple se servir de la compétence "Décamper" pour fuir un combat.

Apprentie Invokeur, Yuna est aussi la fille de Braska, le célèbre Grand Invokeur. Ce dernier est mort dix ans auparavant, sacrifiant sa vie afin de vaincre le maléfique Sin. Les prières de Yuna dans le temple de Besaid ont fait d'elle une véritable Invokeur : elle a désormais le pouvoir de faire appel aux Chimères. Le but de Yuna est de trouver l'Ultime Chimère pour éliminer Sin, un objectif qui lui fera parcourir les terres de Spira dans toute leur longueur.

Age : 17 ans

Rejoint l'équipe : Au temple de L'île de Besaid

Arme : Bâton

Style de combat : Yuna est un des personnages les plus faibles en terme de combat rapproché. Son point fort réside bien plus dans l'emploi de la Magie Blanche, une école de magie privilégiant les sorts de guérison. Yuna est aussi le seul personnage capable de faire appel aux Chimères.

Lulu joue, elle aussi, le rôle de guardien de Yuna. A l'instar de Wakka, elle considère Yuna comme sa petite soeur. Experte dans les arcanes de la Magie Noire, Lulu dispose de sorts tous plus dangereux les uns que les autres. Son apparence calme et contrôlée peut parfois passer pour de la froideur, mais en réalité Lulu possède une nature à la fois sauvage et compréhensive.

Age : 22 ans

Rejoint l'équipe : Sur l'île de Besaid, après avoir quitté le temple

Arme : Poupées ensorcelées

Style de combat : Physiquement, Lulu est peut être le personnage le plus faible du groupe. Mais, il ne faut pas la sous-estimer. Sa force réside dans l'utilisation de la Magie Noire. Lulu se sert de poupées qui devraient rappeler aux joueurs des figures récurrentes dans la série des Final Fantasy.

Auron est un gardien de légende ayant vaincu Sin dix ans auparavant aux cotés de Braska, le père de Yuna. Il se trouve avec Tidus lors de la destruction de Zanarkand ; c'est d'ailleurs lui qui offre à Tidus sa première épée. Avare en paroles, Auron préfère laisser sa lame s'exprimer à sa place. Il se joint à l'équipe afin d'éliminer Sin, définitivement cette fois.

Age : 35 ans

Rejoint l'équipe : A Luca, pendant le tournoi de blitzball.

Arme : Sabre

Style de combat : Bien qu'Auron soit un des guerriers les plus puissants de l'équipe, il est marqué en contrepartie par une certaine lenteur et par l'incapacité de se battre sous l'eau.